本吉駅はバス専用道に設置されている2面2線の駅だ。ただし、BRTのホームは鉄道時代のホームとは直角の位置にある。BRTホームの手前左側に鉄道時代のホームがある。BRTホームの奥はすぐに駅前広場になっていて、ここから柳津駅方面は一般道路を走行する。
バス専用道に一般車が進入しないように設置されている遮断機。気仙沼駅行きが発車するときに開く。
本吉駅の気仙沼駅方面側には閉塞区間（鉄道的表現）の入口がある。気仙沼駅行きのバスは本吉駅を発車するとすぐにここで停止する。
バスを検知するセンサーと信号機。鉄道的に表現すると地上子と閉塞信号機だ。
鉄道時代のホームと跨線橋。線路は撤去されている。バス専用道は直角に曲がって駅前広場へつながっているため、線路が撤去されただけでアスファルト舗装はされていない。
駅舎から跨線橋への通路は立ち入り禁止になっている。
線路は撤去されているが、2011年3月11日から時が止まってしまったようなホーム。
ここを再び列車が走ることはあるのだろうか？
本吉駅の駅舎（右側）とBRTホーム（左側）。BRTホームが元の線路と直角に配置され、バス専用道から駅前広場へつながっているのがわかる。
本吉駅も陸前階上駅と同様に鉄道時代の駅舎をリニューアルしている。
駅舎の入口。ここの作りも陸前階上駅と同様だ。
駅舎内は待合室があり、奥がトイレに改装されているのも陸前階上駅と同じ。しかし、本吉駅には窓口があり、切符の販売やodecaのチャージを行っている。ただし、営業時間が日曜日と水曜日の12:00～18:00だけ。訪れたときは営業時間外だった。odecaのチャージをバス車内でやっておいて良かった。
